يقع المتحف القبطي داخل حدود حصن بابليون الروماني، الذي يعتبر من أشهر وأضخم الآثار الباقية للإمبراطورية الرومانية في مصر، بالقرب من مجموعة كنائس مصر القديمة (كنيسة أبى سرجة، وكنيسة السيدة العذراء المعلقة، بالإضافة إلى المعبد اليهودي).

تم إنشاء المتحف القبطي خلال عام 1910م، وكان الغرض من إنشائه هو جمع الآثار والوثائق التي تسهم في إثراء دراسة الفن القبطي في مصر، وتبلغ مساحة المتحف الكلية شاملة الحديقة والحصن حوالي 8000 م، وهي أرض وقف تابعة للكنيسة القبطية الأرثوكسية قدمها البابا كيرلس الخامس الـ 112، وقد تم تطويره بجناحيه القديم والجديد والكنيسة المعلقة عام 1984م.

ويعد هذا المتحف أكبر متحف في العالم للآثار القبطية، ويتكون المتحف من جناحين يربط بينهما ممر؛ الجناح القديم الذي شيده مرقص سميكة باشا في عام 1910م، والجناح الجديد الذي افتتح في عام 1947م يضم مجموعة من أروع نماذج الفنون القبطية التي تم توزيعها على أقسام المتحف المختلفة، وهي (قسم الأحجار والرسوم الجصية، قسم تطور الكتابة القبطية والمخطوطات، قسم الأقمشة والمنسوجات، قسم العاج والأيقونات، قسم الأخشاب، قسم المعادن، قسم الفخار والزجاج).

ويبلغ عدد المقتنيات بالمتحف القبطي حوالي 16000 مقتنى وقد رتبت مقتنيات المتحف تبعا لنوعياتها إلى أقسام عرضت عرضا علميا فيه الترتيب الزمني قدر الإمكان.

ويضم الجناح القديم للمتحف مجموعة من قطع الأثاث الخشبية والأبواب المطعمة، كما يضم الباب المصنوع من خشب الجميز الخاص بحامل أيقونات كنيسة القديسة بربارة والألواح يمكن تمييزها حيث قاموا بتركيبها في العصر الفاطمي أثناء القرن الحادي عشر والثاني عشر.

يضم الجناح الجديد مجموعة تُظهر مختلف الأنواع والطرز والموضوعات، مثل التصميمات الهندسية، لفائف نبات الاكانتس وأوراق العنب، وافريزات مزدانة بأرانب، طواويس، طيور، والأنشطة الريفية، مرورا بالتراث الهيللينستى والقبطي حتى الصيغ الفنية الإسلامية في مصر، ويضم المتحف القبطي مخطوطات للكتاب المقدس تعود لآلاف السنين وهو عبارة عن تحفة معماري.

وقد ظل المتحف القبطي تابعاً للبطريركية القبطية حتى عام 1931 ثم أصبح تابعاً لوزارة الثقافة المصرية، ويتراوح متوسط عدد الزائرين يوميا من 200 إلى 250 فردا من جنسيات مختلفة.