يعتبر مجلس كنائس مصر من المؤسسات الدينية الحديثة التى تسعى طول الوقت لنبذ التفرقة والخلافات بين الكنائس المصرية حيث أنشئ مؤخرا منذ 11 عامًا.

ويضم مجلس كنائس مصر الكنائس الخمسة الأرثوذكسية والكاثوليكية والأسقفية والإنجيلية، حيث أنشئ يوم 18 فبراير 2013م، ومن الكاتدرائية المرقسية بالعباسية، وفى حضور رؤساء الكنائس المصرية، فقد أعلن عن أهدافه، وطبيعته، وأعضائه، وتم ذلك فى الشهور الأولى لبابوية قداسة البابا تواضروس الثانى بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية.

ويتشكل مجلس كنائس مصر من لجنة الشباب ولجنة المرأة ولجنة الحوار اللاهوتى أو المسكونى ولجنة الإعلام ولجنة الكهنة، وتضم كل لجنة مسئولين عن كل طائفة يكون هدفهم الأكبر وجود نوع من المساحة المشتركة أو أرضية مشتركة للعمل بدون الدخول فى الاختلافات الخاصة بالعقائد للغير.

ويلتقى أعضاء المجلس سنويا على طاولة خماسية ويتم عمل تقييم للعمل المسكونى، حيث يعاون المسئول عن المجلس ما يسمى بأمين مساعد من كل الطوائف الممثلة.