تعتبر الكنيسة المعلقة واحدة من أقدم المقرات الباباوية فى تاريخ الكنيسة، نظراً لأنها احتوت أكبر عدد من الباباوات، فتنتمى الكنيسة الصغرى إلى القرن الثالث أو الرابع الميلادى، بينما ترجع الكنيسة الكبري إلى القرن السادس الميلادى؛ ولعل سبب تسميتها بالمعلقة يرجع إلى كونها مبنية على أنقاض اثنين من البروزات فى الحصن الرومانى؛ وهى مبنية على الطراز البازيليكي الذي يتميز بوجود ثلاثة مذابح؛ واستمرت الكنيسة المعلقة المقر الرسمي للكرسي البابوي حتي عهد البابا يؤانس الثامن البطريرك 80 (1300- 1320) باستثناء فترات قصيرة كان بعض البابوات يلجأون إلى كنيسة أبي سيفين بمصر القديمة ويتخذونها كأستراحة بديلة.

وذكر القمص يعقوب سليمان، كاهن الكنيسة فى تصريحات خاصة لـ"اليوم السابع"، أنه منذ أن جاء الحكم العربى الذى كان مقره في الفسطاط كان الأباء البطاركة يأتون من الإسكندرية ليقيموا في الكنيسة المعلقة بطريقة غير رسمية حتى يكونوا بالقرب من الحكم المدنى، لكن انتقل الأباء إليها بطريقة رسمية منذ عهد البابا 66 إلى البابا يوحنا رقم 80 فظلت مقر باباوى ما يقرب من 7 قرون جزء بطريقة غير رسمية وجزء بطريقة رسمية فهى تعتبر أكبر مقر من عدد السنوات، وعدد البطاركة الذين جلسوا فيها حوالى 16 بطريركا، ثم انتقلت إلى حارة زويلة ثم الأزبكية ثم حاليا في العباسية.

وأضاف أنها سميت بهذا الاسم لأنها بنيت على حصن بابليون وملحقاته وهو عبارة عن اسطوانتين على شكل حرف u والملحقات وضعت فوق نخل على هذه المباني وتم عمل الكنيسة بها لذلك سميت بالمعلقة، ويوجد تحت الكنيسة عمق 13 مترا إلى عمق أرضية الحصن، ومنها جاء لقب الكنيسة المعلقة وتأخذ الكنيسة النظام البازيليكى وهو على شكل فلك نوح، والذى كان وسيلة لخلاص نوح وأولاده من الشرور والطوفان في العالم، حتى الأجانب الذين يأتون إلى مصر عندما يدخلون للكنيسة يشعرون بعبق التاريخ، ففيها بركات لمئات السنوات وبنى الحصن قبل الميلاد بحوالي 150 عاما وتحول المكان إلى كنيسة في القرن الرابع.