يعتبر قداسة البابا كيرلس السادس البطريرك رقم 116 فى تاريخ الكنيسة، ومن البطاركة الذين اشتهروا بالمعجزات وكانت علاقته بالرئيس جمال عبد الناصر جيدة، فقد بنى فى عهده الكاتدرائية المرقسية بالعباسية بحضور عدد من رؤساء دول العالم والصحفيين الأجانب، وإمبراطور أثيوبيا. 

وكان البابا كيرلس السادس وضع حجر الأساس لدير مارمينا بقرب موقع مدينة بومينا الأثرية بمريوط يوم 27 نوفمبر 1959م . وقام برسامة الأنبا باسيليوس بطريرك جاثليق لإثيوبيا فى 28 يونيو 1959م ، وقام بزيارة إثيوبيا مرتين ، وصارت الكنيسة القبطية فى عهده عضواً عاملاً فى المجالس المسكونية. 

وقام قداسة البابا بعمل الميرون المقدس فى أبريل 1967م، وفى عهده تجلت العذراء على قباب كنيستها بالزيتون ابتداء من يوم 2 أبريل 1968م، وأعاد إلى مصر رفات القديس مرقس الرسول يوم 24 يونيو 1968م ودفن فى المزار المعد لذلك تحت هيكل الكاتدرائية المرقسية الجديدة.

وأسس أسقفية للتعليم وأسقفية للخدمات العامة والاجتماعية (1962م) ، وأسقفية للبحث العلمى (1967م) وأنشئت فى عهده هيئة الأوقاف القبطية (1960م) ، ولجنة إدارة أوقاف البطريركية (1967م) ، وافتتاح المبنى الجديد لكلية البابا كيرلس السادس اللاهوتية بأرض الأنبا رويس فى (1961م) ، وفى السنوات الأولى من حبريته قام بزيارة الايبارشيات بالوجهين البحرى والقبلى، وفي عهده بدأت خدمة الكنيسة القبطية بالكويت ، ولبنان ، وأنشئت كنائس قبطية فى تورنتو ومونتريال بكندا، وفى سيدنى وملبورن باستراليا ، وفى عهده أيضاً تأسـسـت كنائس قبطية فى لندن، ونيوجرسى، وكاليفورنيـا. 

ورحل البابا كيرلس السادس فى 9 مارس 1971م / 30 أمشير 1687ش ، ودفن أولاً فى المدفن المخصص أسفل الكاتدرائية المرقسية الجديدة ، وفى يوم 23 نوفمبر 1972م وبناء على وصيته.

ورحل فى 9 مارس 1971م / 30 أمشير 1687ش ، ودفن أولاً فى المدفن المخصص أسفل الكاتدرائية المرقسية الجديدة ، وفى يوم 23 نوفمبر 1972م وبناء على وصيته نقلت رفاته الى المدفن المقام تحت كاتدرائية دير مارمينا بمريوط.